Με την αθώωση όλων των εμπλεκομένων έκλεισε η υπόθεση του Βατοπαιδίου ύστερα από δύο χρόνια ακροαματικής διαδικασίας, αφού το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων τους αθώωσε όλους. Τα μέλη του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων υιοθέτησαν στο σύνολό της την πρόταση της εισαγγελέως Βασιλικής Κρίνα και αποφάνθηκαν πως δεν στοιχειοθετήθηκαν τα αδικήματα της φυσικής ή ηθικής αυτουργίας σε κακουργηματική απιστία και οι ψευδείς βεβαιώσεις που κατά περίπτωση αποδόθηκαν στους 14 εμπλεκομένους για την ανταλλαγή της Λίμνης Βιστωνίδας και των παραλιμνίων εκτάσεών της με ακίνητα του Δημοσίου.
Μεταξύ των κατηγορουμένων για την υπόθεση του Βατοπαιδίου ήταν ο ηγούμενος Εφραίμ και ο μοναχός Αρσένιος, η συμβολαιογράφος Κατερίνα Πελέκη, ο πατέρας και ο αδελφός της, Διονύσης και Δημήτρης Πελέκης (δικηγόροι και οι δύο), ο πρώην πρόεδρος και ο πρώην διευθύνων σύμβουλος της Κτηματικής Εταιρείας του Δημοσίου, Πέτρος Παπαγεωργίου και Κωνσταντίνος Γκράτσιος, ο πρώην γενικός γραμματέας του υπουργείου Γεωργίας, Κωνσταντίνος Σκιαδάς, ο πρώην διευθυντής της Υπηρεσίας Διαχείρισης Ακινήτων της ΚΕΔ, Γεώργιος Μητρόπουλος, και ο πρώην αντιπρόεδρος του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, Γρηγόρης Κρόμπας.
Μετά την απόφαση, ο ηγούμενος Εφραίμ δήλωσε: «Ευχαριστούμε τον Θεό και την Παναγία για την αίσια έκβαση της υπόθεσης». Από την πλευρά του, ο μοναχός Αρσένιος τόνισε: «Αδιαφορούσα για την υποκρισία, με ενδιέφερε η αγάπη του Θεού».
Το χρονικό της ντροπής
Όλα άρχισαν όταν η Μονή Βατοπαιδίου προσπάθησε να δει τι γίνεται με την ιδιοκτησία στη λιμνοθάλασσα της Βιστωνίδας που κατέχει με αυτοκρατορικά χρυσόβουλα, καθώς και σε παρόχθιες εκτάσεις. Οι κάτοικοι της περιοχής αντέδρασαν, με αποτέλεσμα να γραφούν πολλά για ευνοϊκές ανταλλαγές οικοπέδων με ευθύνη της τότε κυβέρνησης Κώστα Καραμανλή.
Στις 4 Νοεμβρίου 2008, κατόπιν της από 22 Οκτωβρίου 2008 ομόφωνης απόφασης της Ολομέλειας της Βουλής, σχηματίστηκε Εξεταστική Επιτροπή της Βουλής με σκοπό τη διερεύνηση «του συνόλου της υπόθεσης της Μονής Βατοπαιδίου» και την αναζήτηση τυχόν πολιτικών ευθυνών. Πρόεδρος τοποθετήθηκε ο βουλευτής Χανιών με τη Νέα Δημοκρατία Χρήστος Μαρκογιαννάκης. Η Επιτροπή αυτή συνεδρίασε από τις 30 Οκτωβρίου μέχρι τις 15 Δεκεμβρίου, προσερχόμενη σε 47 συνεδριάσεις, με συνολικό χρόνο εργασιών 250 ώρες, ενώ τα πρακτικά της έφθασαν τις 13.000 σελίδες, μετά από εξέταση 122 μαρτύρων.
Σύμφωνα με το πόρισμα της εν λόγω Επιτροπής, «Πόρισμα 15 Δεκεμβρίου 2008», όπως αυτό κατατέθηκε, αναγνωρίστηκαν μεν πολιτικές ευθύνες (σελ.94, Πορίσματος) χαρακτηριζόμενες μόνο ως «πλημμελούς εποπτείας» εμπλεκόμενων πολιτικών προσώπων και πολιτικών προϊσταμένων δημοσίων φορέων, δηλαδή υπουργών, υφυπουργών, διευθυντών, διοικητών κ.λπ. Παρά ταύτα, το καθένα από τα πέντε πολιτικά κόμματα της Βουλής, εκπρόσωποι των οποίων συμμετείχαν στην Επιτροπή, εξέδωσε χωριστό πόρισμα σε καταλογισμούς.
Η δεύτερη στη σειρά Εξεταστική Επιτροπή συνεστήθη σύμφωνα με την από 25 Ιανουαρίου του 2010 ομόφωνη απόφαση της Ολομέλειας της Βουλής, η οποία είχε κάνει δεκτή την πρόταση 128 βουλευτών του κόμματος του ΠΑΣΟΚ για σύσταση Εξεταστικής Επιτροπής για την ολοκλήρωση της διερεύνησης του συνόλου του σκανδάλου. Με βάση την ίδια απόφαση της Ολομέλειας ορίσθηκε Επιτροπή από 19 μέλη και με προθεσμία ολοκλήρωσης και υποβολής πορίσματος μέχρι τις 15 Μαρτίου 2010. Τελικά, η Επιτροπή συγκροτήθηκε σε Σώμα, σύμφωνα με τον κανονισμό της Βουλής, στις 10 Φεβρουαρίου.
Η Εξεταστική Επιτροπή του 2010, μετά και τις κατόπιν αιτημάτων της χορηγηθείσες τρεις παρατάσεις συμπλήρωσης του έργου της, μέχρι τις 8 Ιουνίου 2010, εργαζόμενη εντατικά σε συνολικά 42 συνεδριάσεις, εκ των οποίων οι 34 με πολύωρες εξετάσεις 62 μαρτύρων (συνολικά 143 ωρών), συμπληρώνοντας στενογραφημένα πρακτικά 6.615 σελίδων και λαμβάνοντας υπόψη, πέραν του φακέλου της Επιτροπής του 2008, ένα πλήθος άλλων εγγράφων κοινών και απορρήτων, αντίγραφα συμβολαίων και αλληλογραφίας εμπλεκόμενων φορέων, γνωμοδοτήσεις, έκθεση στελεχών της ΤτΕ για κινήσεις λογαριασμών όσων ζητήθηκε το άνοιγμα κ.ά., επιβεβαίωσε το πόρισμα της προηγούμενης Επιτροπής του 2008.
Στις 17 Νοεμβρίου 2010 η Ολομέλεια της Βουλής με μυστική ψηφοφορία αποφάσισε να παραπέμψει τους Ευάγγελο Μπασιάκο, Αλέξανδρο Κοντό και Πέτρο Δούκα στο Δικαστικό Συμβούλιο με τις κατηγορίες της αυτουργίας και συναυτουργίας σε απιστία σε βάρος του Δημοσίου.
Ύστερα από διαφωνία ανάμεσα στην εφέτη-ανακρίτρια Ειρήνη Καλού και τον εισαγγελέα Παναγιώτη Μαντζούνη, το Συμβούλιο Εφετών έκρινε στις 23 Δεκεμβρίου 2011 προφυλακιστέο τον κατηγορούμενο Εφραίμ Κουτσού για ηθική αυτουργία στο αδίκημα της παράβασης καθήκοντος, ο οποίος και μεταφέρθηκε στις φυλακές Κορυδαλλού αν και η προφυλάκισή του έγινε δεκτή με διάφορες αντιδράσεις.
Στις 29 Μαρτίου 2012 ο ηγούμενος Εφραίμ αποφυλακίστηκε χωρίς να παραπεμφθεί σε δίκη.
